Hoàng tử Alexandre sinh ngày 18 tháng 7 năm 1942 tại Cung điện Laeken ở thành phố Bruxelles của Vương quốc Bỉ. Ông có hai người em gái ruột là Công chúa Marie-Christine và Công chúa Marie-Esméralda của Bỉ. Mẹ đỡ đầu của ông cũng chính là người chị cùng cha khác mẹ, Nữ Đại Công tước Joséphine-Charlotte của Luxembourg.

Ông cùng gia đình bị quân đội Đức bắt giữ cho đến khi trận Normandie diễn ra năm 1944. Sau đó, Léopold III cùng người vợ thứ hai và bốn người con lần lượt chuyển sang bị giam giữ tại Hirschstein ở Sachsen, Đức rồi đến Strobl gần thành phố Salzburg của Áo suốt mùa đông năm 1944–1945. Tháng 5 năm 1945, gia đình Léopold III được quân đội Mỹ trả tự do. Sau khi chiến tranh kết thúc, gia đình hoàng gia vẫn không được trở về Bỉ mà phải sống lưu vong ở Thụy Sĩ cho đến khi cuộc trưng cầu ý dân được diễn ra tại Vương quốc Bỉ năm 1950. Trong thời gian đó, Hoàng tử Alexandre đã học thêm một số kiến thức về y học để kiếm tiền phụ giúp gia đình.